В апреле 1920 года, воспользовавшись гражданской войной в молодой советской республике и отсутствием на Сахалине военных формирований Красной армии, Япония высадила в городе Александровске двухтысячный десант. Так началась пятилетняя оккупация нашего острова. 20 января 1925 года благодаря многолетним переговорам и усилий дипломатов СССР был подписан Пекинский договор. В результате японская сторона согласилась с выдвинутыми требованиями вывести к 1 мая свой гарнизон с территории Северного Сахалина.
Для охраны вновь образованного на острове участка советско-японской границы, из бойцов и командиров пограничных частей Приморья во Владивостоке началось формирование Сахалинского пограничного отряда. 16 марта формирование погранотряда завершено и 14 апреля на пароходе «Эривань» личный состав вновь сформированной воинской части прибыл к месту службы на остров Сахалин. Развернут штаб в городе Александровске. До 14 мая пограничники контролировали убытие военнослужащих японского гарнизона к новым местам дислокации, изучали местность, информировали граждан населенных пунктов о достигнутых с японской стороной соглашениях, занимались обустройством помещений для личного состава и конюшней, оборудованием просек и наблюдательных пунктов вдоль границы. 15 мая 1925 года на здании бывшего штаба оккупационных войск Японии торжественно поднят Государственный флаг СССР, а 250 бойцов 52-го погранотряда приступили к охране государственной границы на участке местности по 50-ой параллели северной части острова Сахалин. Этот день стал днём основания пограничного отряда, а сегодня считается днем образования пограничной охраны Сахалина и Курильских островов.
В августе 1925 года сахалинские пограничники получили первое боевое крещение, разгромив яростно противостоящую советской власти многочисленную банду Винокурова, которая грабила местное население, осуществляла контрабанду в Японию пушнины и ценностей.
В 1928 году пограничному отряду вручено первое боевое Красное знамя. По мере того как контрабандисты придумывали новые способы переправки за кордон контрабанды, пограничники набирались опыта.
Наряду с основным предназначением пограничники проделали громадную работу в части освоения и изучения богатств Сахалина. За период 1926-1929 гг. в разных направлениях острова проведено 15 экспедиций, из которых наиболее значительной являлась 400-килломитровая экспедиция по маршруту Дербинск - Оха по девственной тайге центральной части острова. По завершении экспедиции предоставлено в соответствующие советские органы материалы и разнообразные экспонаты, характеризующие богатство региона. Образцы в основном определяли качество грунта, наличие пород леса, характеристику лесного и морского зверя, фарфоровой глины, литографического камня железняка, красного кварца, нефти, угля, кристаллического сланца и жемчуга с реки Тымь. Дальневосточный геологический комитет отозвался о представленных экспонатах, как о богатствах, имеющих громадное промышленное значение не только для острова, но всей страны.
С 1930 года в погранотряд стали поступать пограничные суда, что существенно повысило возможности по пресечению деятельности контрабандистов и японских браконьерских шхун. К осени 1935 года в распоряжение 52-го погранотряда пребывает авиазвено самолётов-амфибий.
16 мая 1935 года в ознаменование 10-летия освобождения Южного Сахалина от японских войск, а также за успешную работу в области хозяйственного и культурного строительства на Сахалине, укрепление его обороноспособности, пограничный отряд награжден орденом Ленина.
18 мая того же года за выдающиеся заслуги перед Родиной, погранотряд награжден Почетным знаком ВЧК-ОГПУ (всероссийской чрезвычайной комиссии - объединённого государственного политического учреждения).
В 30-е годы для прохождения службы в 52-й пограничный отряд прибывают: старший лейтенант Петров Григорий Петрович, который с 1936 по 1939 годы командовал пограничной комендатурой на Сахалине, а в 1940 году за умелое руководство подразделением в боевых действиях против финско-фашистских подразделений, проявленные мужество и отвагу удостоен высокого звания Героя Советского Союза; старший сержант Буюклы Антон Ефимович, который проходил службу в Сахалинском пограничном полку в должности командира отделения, а в августе 1945 года повторил подвиг А. Матросова, закрыв собой амбразуру дота на Харамитогском японском укрепрайоне. Удостоен высокого звания Героя Советского Союза (посмертно).
С 1938 года, несмотря на значительные усилия пограничников по своевременному выявлению и пресечению нарушений, с японской стороны участились попытки незаконного перехода границы и провокаций. Бойцы и командиры справлялись с несением службы в сложных условиях, пресекая участившиеся шпионские действия и провокационные попытки нарушения границы со стороны Японии. Из воспоминаний старшего сержанта пограничной заставы «Хандаса» Богатырёва Евгения Степановича: «Были случаи, когда, встречались по ту сторону границы японцы, и против наши, то японские солдаты вскидывали винтовки целясь в наших пограничников, затем скаля зубы ухмылялись, кричали ругательства. Наши дозорные спокойно шли и ни одним жестом не поддавались на провокации».
В годы Великой Отечественной войны многие сахалинские пограничники героически сражались на фронтах с фашистскими захватчиками. Военнослужащие 52 пограничного отряда, находясь на Сахалине, практически ежедневно пресекали попытки обнаглевших японских солдат и лазутчиков, обеспечивали надежную охрану государственной границы в тяжелейших условиях. Бесцеремонные залеты японской авиации вглубь нашей территории, скрытные заходы в наши воды военных кораблей противника, бесчисленные попытки проникновения диверсантов не давали пограничникам ни минуты покоя. При этом при задержании нарушителей, пытавшихся уйти от преследования, нельзя было допускать полета пуль на японскую территорию и тем самым спровоцировать боестолкновение.
С началом военных действий Красной Армии против японских войск на Южном Сахалине с 8 августа 1945 года пограничники перешли в оперативное подчинение командующего 16 Армии. Им была поставлена задача провести боевые операции в прикордоне противника, ликвидировать все погранполицейские гарнизоны, провести разведку маршрутов и ликвидировать мелкие войсковые группы противника на флангах и тылу действующих частей Красной Армии. Воины границы мужественно выполнили боевые задачи.
2 сентября 1945 года Япония капитулировала и завершилась Вторая мировая война. В этот же день указом Президиума Верховного Совета СССР 3 сентября объявлено праздником Победы над Японией. Территория Южной части острова Сахалин и Курильских островов отошли Советскому союзу. Для охраны новых территорий принимается решение о формировании Сахалинского пограничного отряда с местом дислокации в г. Южно-Сахалинск.
С целью усиления плотности охраны государственной границы в октябре 1945 года создан Отдельный дивизион пограничных кораблей с местом дислокации – остров Шикотан. В январе 1946 года на Сахалин из Прибалтики передислоцирован Рижский пограничный отряд НКВД СССР, на базе которого сформирован Холмский пограничный отряд. Наименование «Рижский» присвоено пограничному отряду в память о заслугах и проявленном героизме при освобождении г. Риги от фашистских захватчиков в 1944 году. В это же время из Прибалтики на Курильские острова для охраны государственной границы прибыл Рущукский ордена Богдана Хмельницкого (II степени) пограничный отряд.
В мае 1946 года из г. Николаевска-на-Амуре передислоцирован пограничный отряд, который расположился в г. Макарове. Таким образом, охрану государственной границы в Сахалинской области с 1946 года осуществляли: Сахалинский ордена Ленина, Холмский погранотряды, отдельный дивизион пограничных кораблей с местом дислокации на острове Шикотан, Рущукский погранотряд с местом дислокации на острове Кунашир и Макаровский пограничный отряд.
За первые четыре послевоенных года пограничники Сахалина и Курил задержали и обезвредили около 2,5 тысяч нарушителей государственной границы, в том числе двух американских и шесть японских шпионов.
В 1963 году освоены полеты вертолетов, изучены их возможности в охране границы в пределах Сахалина и Курильских островов. С вводом в 1964 году всепогодного ледокольного сторожевого корабля проекта 467 впервые появилась возможность охранять границу на море в зимнее время года.
Вплоть до начала двухтысячных годов сахалинские пограничники неоднократно отмечались высшим руководством за отличия и умелые действии по поиску и задержанию нарушителей государственной границы, надежно обеспечивая нерушимость рубежей нашего государства.
В 2004 году в процессе оптимизации структуры Пограничной службы ФСБ России, сформированы подразделения береговой охраны. На базе сахалинского пограничного отряда сформировано Сахалинское пограничное управление береговой охраны ФСБ России.
С 1 апреля 2007 года пограничные отряды были переформированы в службы. В 2012 году в связи с оптимизацией организационно-штатной структуры пограничных органов, в состав пограничного управления введены дополнительные подразделения и пограничному органу присвоено новое наименование - Пограничное управление ФСБ России по Сахалинской области.
В настоящее время пограничное управление выполняет различные задачи по борьбе с внешними угрозами по защите и охране государственной границы РФ. Обстановка на территории пограничного управления, достаточно напряжённая, обусловлена территориальными притязаниями со стороны сопредельного государства, систематическим незаконным выловом морских и биологических водных ресурсов и трансграничной преступностью.
Ежегодно 15 мая сахалинскими пограничниками отмечается как День воинской части, с момента начала охраны государственной границы - 15 мая 1925 года.